18 апреля 1923 года на учредительном собрании было создано первое в Советском Союзе ведомственное спортивное общество «Динамо». В книге Владимира Верхолашина «Динамовцы» описано, как первым энтузиастам создания пролетарского спортивного общества «Динамо» — работникам штаба войск ГПУ Павлу Уральцу, Михаилу Лаврентьеву, Дмитрию Иванову, Кириллу Кузьмину и начальнику политотдела войск ГПУ Леониду Недоля-Гончаренко пришла в феврале идея создания спортивного общества чекистов, и как было выбрано название общества.

Футбол был одним из любимых видов спорта чекистов. В начале 20-х годов в частях ГПУ и среди сотрудников этого ведомства были созданы футбольные коллективы, собравшие многих способных игроков и участвовавшие в первенствах среди частей и соединений. Совет вновь созданного Московского пролетарского спортивного общества «Динамо» и его учебно-спортивный отдел поставили вопрос о создании новой, «инструкторской», показательной команды, которая должна была встать на один уровень с сильнейшими московскими командами того времени. Она должна была служить образцом для остальных команд ведомства, искать свой особый стиль и манеру, передавать их другим динамовским командам в низовых организациях.

Нужно было найти энергичного человека, хорошо знающего футбол, который сумел бы пригласить в ряды новой команды одарённых футболистов, сплотить их. Выбор пал на Фёдора Чулкова, служившего в те годы в войсках ГПУ. Владимир Васильевич Кузьмин, заведующий учебной частью общества, узнал, что Фёдор до призыва в армию играл за КФС вратарём и хорошо знает многих футболистов Москвы, и после разговора с ним решил поручить ему процесс формирования команды. Чулков был вызван для обстоятельного разговора на Совет. Кандидатура Чулкова как человека, которому поручалось формирование команды, не вызвала возражений. Таким образом, в начале апреля 1923 года перед Чулковым была поставлена задача в течение месяца сформировать команду, которая могла бы соперничать с тогдашними лучшими командами столицы. Остальные три команды, требовавшиеся для дебюта в группе сильнейших, было решено сформировать из лучших футболистов воинских частей и центрального аппарата ведомства.

Чулков, отвергнув такие варианты, как формирование команды из молодых комсомольцев, служивших в ГПУ, и попытки приглашения известных футболистов из ведущих команд, решил пригласить в «Динамо» бывших партнёров по КФС, карьера большинства из которых подходила к концу и которые обладали опытом и мастерством. Он рассчитывал, что у них будет учиться молодёжь. В клуб были приглашены Василий Житарев (экс-игрок сборной Российской империи, участник Олимпиады 1912 года; был избран капитаном команды), Михаил Денисов, Николай Троицкий и другие. Однако у команды не было своего стадиона, на котором можно было бы проводить полноценную учебно-тренировочную работу. Были проблемы и со спортивным снаряжением — общество не могло обеспечить команды бутсами, формой. На первые матчи динамовцы выходили в форме КФС — белые футболки с чёрным воротничком и чёрные трусы.

«Динамо» выиграло чемпионаты СССР по футболу 1936 (весна) и 1937 годов и стало обладателем Кубка СССР в 1937 году. Динамо был первым советским футбольным клубом, выступавшим на Западе. В Англии никому не известный клуб сыграл вничью 3:3 с «Челси», обыграл «Кардифф Сити» 10:1 и лондонский «Арсенал» 4:3, а матч с «Рейнджерс», играя в густом тумане, свёл вничью 2:2.

В послевоенные годы «Динамо» продолжало оставаться одним из сильнейших футбольных клубов. Клуб выиграл пять чемпионатов между 1949 и 1959 годами, а в 1953 году в очередной раз стал обладателем Кубка СССР.
Однако уже в 60-е годы наступает кризисный период в игре команды, который только усугублялся в 70-80е годы.
В последний раз «Динамо» выигрывало чемпионат страны в 1976 году.
Самое большое достижение «Динамо» на европейской арене — выход в финал Кубка кубков в 1972 году, в котором оно уступило шотландскому клубу «Рейнджерс» 3:2.

Наивысшее достижение «Динамо» в чемпионатах России — 2-е место в 1994 году.
В 1995 году клуб стал обладателем Кубка России, обыграв волгоградский «Ротор» в серии послематчевых пенальти 8:7. В 2008 году клуб занял 3-е место и стал обладателем бронзовых медалей российской Премьер-лиги.

Много лет назад на трибунах московского стадиона «Динамо» прозвучала песня «Динамо — жемчужина футбола» на мотив песни «Эх, Одесса, жемчужина у моря». Текст песни содержал следующие слова русского языка:
В Петровском парке есть маяк Он светит нам всегда Он говорит: «Постой фанат! Иди скорей сюда! Здесь двери всем открыты Стаканы всем налиты И девушки танцуют до утра ДА! ДА! ДА! Эй! Динамо- жемчужина футбола! Эй! Динамо не может жить без гола! Эй! Динамо ты мой любимый клуб! Играй мое Динамо и кубки к нам придут»

В 2009 году «Динамо» выступало в отборочном раунде Лиги чемпионов 2009/10. Команда выиграла со счётом 1:0 у шотландского «Селтика» на выезде, но уступила ему 0:2 на своём поле. Вылетев таким образом из Лиги чемпионов, команда получила право сыграть в Лиге Европы, в 4-м отборочном раунде, где уступила софийскому ЦСКА, сыграв с ним вничью (0:0) на выезде и проиграв дома (1:2); на этом евросезон для «бело-голубых» был закончен.